Расмий маълумотларга кўра, Андижон воқеалари давомида 73 та автомобилга, 20 та бинога ўт қўйилган. «Террорчилик ҳаракатлари оқибатида жами 187 киши ҳалок бўлган, улардан 60 нафари тинч аҳоли бўлиб, уларнинг иккитаси вояга етмаган бола ва биттаси аёлдир. Террорчилар томонидан 31 нафар ҳуқуқни муҳофаза қилиш органлари ходими ва ҳарбий хизматчи ўлдирилган. Жиноятчилар 70 кишини гаровга олиб, улардан 15 нафарини ваҳшиёна ўлдирган», - дейилади идоранинг 2005 йил сентябридаги ҳисоботида. Яна 287 киши (уларнинг 91 нафари тинч аҳоли, 49 нафари орган ходимлари) яраланган.
Қурбонлар сонига доир расмий рақамлар халқаро жамоатчилик томонидан кўп марта шубҳа остига олинган. Бу шубҳалар ва танқидлар Ўзбекистон расмийлари томонидан рад этилган. «Андижонда 500 та, 1000 га яқин одам ҳалок бўлди деган гаплар – нотўғри», –
деганди Андижон воқеалари вақтида Ўзбекистон раҳбарияти томонидан тузилган штабга бошчилик қилган ва қуролланган шахслар билан музокаралар олиб борган ИИВнинг ўша вақтдаги раҳбари Зокиржон Алматов.