До колонизации Туркестанского края Российской империей огромная территория нынешней площади Мустакиллик (независимость — в переводе с узбекского языка) была совершенно пустой. В открытых источниках говорится, что тут располагался дворец кокандского хана, но историограф Ташкента Борис Голендер опровергает эту версию. Резиденция правителя Коканда находилась в Коканде. В Ташкенте же, по данным Голендера, располагался дворец правителя Ташкента, однако не на месте площади Мустакиллик, а на на месте Музея олимпийской славы и Монумента «Мужество».

По словам Бориса Голендера, с 1865 года и вплоть до 1992-го площадь называлась Красной площадью — от слова красивая. Однако в энциклопедии «Ташкент» говорится, что до 1917 года площадь называлась Соборной, в 1917-1956 годы — Красной, с 1956 до 1992 — Красной площадью имени Ленина.

Территорию площади начали осваивать с приходом Царской России в Ташкент, рассказал Борис Голендер. К приезду первого генерал-губернатора Туркестанского края Константина фон-Кауфмана в 1866 году построили резиденцию — длинное одноэтажное здание белого цвета, за что его назвали «Белым домом» — так и называют по сей день. В нём со своими семьями жили и другие 12 генерал-губернаторов, правившие Туркестаном до прихода советской власти.

Вместе с «Белым домом» на территории площади стали появляться и дома горожан. Они строили небольшие коттеджи в европейском стиле. В начале XX века махалля считалась элитной, однако землетрясение 1966 года полностью разрушило её.

На заре 1870-х напротив «Белого дома» началось строительство Военного Спасо-Преображенского собора. Храм занимал большую площадь. Строительство закончилось в 1888 году. Рядом стояла высокая колокольня.

«Раньше соборы относились либо к духовному ведомству, либо военному. Отличие в том, что в последних служили капелланы — священники, которые совмещали духовную работу со светской», — рассказал Борис Голендер.

По словам историографа, с четырех сторон Спасо-Преображенского собора хоронили знатных военачальников, включая генерал-губернаторов. Вокруг сооружения и резиденции генерал-губернатора возвели Сад туркестанской флоры, который считается первым Ботаническим садом Ташкента.

Собор взорвали в 1929 году, хотя поначалу советская власть хотела превратить здание в музей, как с главным храмом Алматы. Однако сбыться этому не довелось.

Борис Голендер убежден, что тела генерал-губернаторов не эксгумировали.

«Никаких данных о том, что их оттуда вынимали нет. А там 29 человек. Ещё одного в 1918 году перенесли на Боткинское кладбище. Я сам видел, как эту площадь сравняли после землетрясения», — сказал Голендер.

После Октябрьской революции и вплоть до 1930-х годов «Белый дом» служил музеем. Когда 17 августа 1930 года правительство перенесло столицу Узбекской ССР из Самарканда в Ташкент, «Белый дом» реконструировали и построили на его базе здание для республиканского правительства — Совета Народных Комиссаров Узбекской ССР. Перед входом в администрацию висела табличка на узбекском (на латинской графике) и русском языках.

Военные парады стали проводить на Красной площади в 1930-е, считает Борис Голендер. По его мнению, раньше это сделать было невозможно, поскольку демонстрациям мешал Спасо-Преображенский собор. В царское же время парады проводились перед Главным штабом на сквере.

В ноябре 1936 года на Красной площади установили первый памятник Ленину. Вождя в пиджаке изваял скульптор Борис Королёв. 20 лет спустя, в 1956 году площадь облагородили, возвели на ней трибуну, а Ленина в пиджаке поменяли на Ленина в пальто. Вторую скульптуру создал Матвей Манизер.

В 1965 году на территории площади начали строить здание Совета Министров Узбекской ССР — ныне здание Кабинета министров Узбекистана. Здание Совета Министров и «Белый дом» не пострадали во время землетрясения. Однако после бедствия Красную площадь начали реконструировать.

В ходе этих работ её территория увеличилась в 3,5 раза, а у здания Совета Министров появился знаменитый фонтан — один из символов Ташкента.

В 1975 году памятник Ленину вновь обновили. Он стоял на том же постаменте, на котором сейчас установлен Монумент независимости (более известный как «глобус») в виде земного шара с изображением на нём карты Узбекистана в увеличенном размере.

В том же году в честь 30-е летия Победы на площади возвели мемориал «Могила неизвестного солдата». За реконструированный ансамбль группа архитекторов — С. Одилов, Л. Адамов и другие — получила государственную премию СССР.

В 1970-е годы парады на площади проводились дважды в год: 7 ноября — в честь празднования Октябрьской революции и 9 мая — День Победы.

После объявления Независимости Красную площадь имени Ленина переименовали в Площадь Мустакиллик. На месте мемориала «Могила неизвестного солдата» появилась Площадь Памяти и Воинский мемориал. Здание Совета Министров для Кабинета министров полностью реконструировали. В ранние 1990-е праздник Независимости проходил на этой площади.

Современный вид площади начали закладывать в 2004 году, когда первый президент Узбекистана Ислам Каримов поручил благоустроить территорию. Тогда появилась зеленая зона, новые фонтаны, а «Белый дом» перестроили под здание Сената, в котором сегодня находится Аппарат президента. В 2005 году открыли монументы «Скорбящая мать» и Арку «Эзгулик» («Добрых и благородных устремлений»).