Несмотря на катастрофу, Судочинская система озёра — стоянка для трансконтинентальных перелётных птиц, мигрирующих из Сибири и тундры в южные широты и обратно. Поздней весной здесь можно встретить гнездящихся пеликанов, фламинго, колпиц, гусей, уток и других пернатых. Всего в бассейне озёр в разное время обитают около 240 видов птиц, 28 из которых занесены в Красную книгу.
Чтобы сохранить уникальную фауну, в 2021 году здесь был создан государственный заказник «Судочье-Акпетки». Его площадь составила более 280 тысяч га. Сейчас на этих просторах в двух домах живут сотрудники заказника и пара рыбаков. В будущем обещают построить отель.